TEKNIK LAB VIRUS

TEKNIK LAB VIRUS

Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2002 Tentang Hak Cipta Lingkup Hak Cipta Pasal 2 1. Hak Cipta merupakan hak eksklusif bagi Pencipta atau Pemegang Hak Cipta untuk mengumumkan atau memperbanyak Ciptaannya, yang timbul secara otomatis setelah suatu ciptaan dilahirkan tanpa mengurangi pembatasan menurut peraturan perundang-undangan yang berlaku. Ketentuan Pidana Pasal 72 1. Barang siapa dengan sengaja melanggar dan tanpa hak melakukan perbuatan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 Ayat (1) atau Pasal 49 Ayat (1) dan Ayat (2) dipidana dengan penjara masing-masing paling singkat 1 (satu) bulan dan/atau denda paling sedikit Rp 1.000.000,00 (satu juta rupiah), atau pidana penjara paling lama 7 (tujuh) tahun dan/atau denda paling banyak Rp 5.000.000.000,00 (lima miliar rupiah). 2. Barang siapa dengan sengaja menyiarkan, memamerkan, mengedarkan atau menjual kepada umum suatu ciptaan atau barang hasil pelanggaran hak cipta atau hak terbit sebagai dimaksud pada Ayat (1) dipidana dengan pidana penjara paling lama 5 (lima) tahun dan/atau denda paling banyak Rp. 500.000.000,00 (lima ratus juta rupiah). ii

TEKNIK LAB VIRUS I GUSTI NGURAH KADE MAHARDIKA I NYOMAN MANTIK ASTAWA GUSTI AYU YUNIATI KENCANA IDA BAGUS KADE SUARDANA TRI KOMALA SARI Udayana University Press 2015 iii

TEKNIK LAB VIRUS Penulis: I Gusti Ngurah Kade Mahardika I Nyoman Mantik Astawa Gusti Ayu Yuniati Kencana Ida Bagus Kade Suardana Tri Komala Sari Penyunting: Jiwa Atmaja Cover & Ilustrasi: Repro Design & Lay Out: I Wayan Madita Diterbitkan oleh: Udayana University Press Kampus Universitas Udayana Denpasar, Jl. P.B. Sudirman, Denpasar - Bali Telp. (0361) 9112762 unudpress@gmail.com http://penerbit.unud.ac.id Cetakan Pertama: 2015, viii + 88 hlm, 15 x 23 cm ISBN: 978-602-294-044-9 Hak Cipta pada Penulis. Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang : Dilarang mengutip atau memperbanyak sebagian atau seluruh isi buku ini tanpa izin tertulis dari penerbit. iv

KATA PENGANTAR B elakangan ini, penyakit akibat infeksi virus zoonosis, yaitu menular dari hewan ke manusia, semakin mendapat perhatian publik. Penyakitnya antara lain Ebola, Flu Burung, Japanese Encephalitis, dan lain sebagainya. Sebab klasik masih berlaku bahwa virus tidak bisa divisualisasikan dengan mikroskup biasa dan tidak bisa dibiakkan pada media buatan. Obat yang berkhasiat tidak tersedia. Pemberian obat sebagai bentuk terapi sering digunakan sebagai alat bantu diagnosis untuk infeksi bakteri. Dengan kata lain, diagnostik infeksi virus tidak mudah. Pemahaman teknik virologi menjadi sangat penting bagi kalangan medis dan medis veteriner. Buku virologi dan teknik diagnosis infeksi virus tidak banyak tersedia dalam Bahasa Indonesia. Banyak peminat tentang virus yang kesulitan memahami mahluk biologi yang amat kecil ini. Buku ini merupakan pengembangan Buku Penuntun Praktikum di Laboratorium Virologi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana. Penuntun itu bertujuan untuk memberikan petunjuk dan arahan pada mahasiswa sewaktu melakukan praktikum di laboratorium. Dengan membaca buku ini diharapkan mahasiswa telah mengetahui dan memahami teknik-teknik yang akan dikerjakan dan manfaat dari praktikum. Sejalan dengan perkembangan ilmu virologi yang demikian pesat, tim penulis memandang perlu untuk mengembangkan buku penuntun dimaksud sehingga dapat diterapkan untuk FKH lain di Indonesia, dan bahkan program studi atau dispilin ilmu lain yang memfokuskan diri pada kajian terhadap virus. v

Mahasiswa atau pembaca dapat membaca acuan lain yang berhubungan dengan virus untuk lebih memahami dan melengkapi teknik-teknik yang belum terangkum dalam buku ini. Daftar acuan dicantumkan pada setiap bab buku ini. Buku ini akan terus dikembangkan di masa yang akan datang sehingga dapat memenuhi kebutuhan mahasiswa dan petugas laboratorium yang sesuai dengan perkembangan jaman. Melalui kesempatan ini, penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah memberikan sumbangan pemikiran dan membantu penyusunan buku ini. Semoga buku ini bermanfaat. Denpasar, 31 Januari 2015 Penyusun vi

DAFTAR ISI KATA PENGANTAR... v DAFTAR ISI... vii BAB I PENDAHULUAN... 1 1.1. Latar Belakang... 1 1.2. virus... 3 1.3. Prosedur Umum Diagnosis Penyakit Virus... 7 1.4. interpretasi hasil... 9 1.5. Keamanan Laboratorium... 10 Daftar Acuan... 12 BAB II ISOLASI DAN IDENTIFIKASI VIRUS... 13 2.1. isolasi Virus... 13 2.2. Pengambilan dan Penanganan Sediaan... 14 2.3. Penyiapan Inokulum... 16 2.4. inokulasi pada Media Isolasi... 17 2.4.1. Inokulasi pada Hewan Percobaan... 17 2.4.2. Teknik Inokulasi pada Telur Bertunas... 22 2.4.3. Biakan Jaringan... 31 Daftar Acuan... 45 BAB III Identifikasi Virus... 46 3.1. Uji Hemaglutinasi dan Hambatan Hemaglutinasi... 47 vii

3.2. Uji Hemaglutinasi Cepat... 47 3.3. Uji Hemaglutinasi (Teknik Mikrotiter)... 48 3.4. Uji Hambatan Hemaglutinasi... 49 3.5 Uji Presipitas Agar... 52 3.6 Uji Netralisasi... 54 3.7 elisa... 58 3.8 Uji PCR... 67 Daftar Acuan... 76 BAB IV Larutan dan Media... 78 Indek... 80 Tentang Penulis... 85 viii

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Penyakit virus banyak yang menyebabkan kerugian ekonomi bagi peternakan serta dapat menular kepada manusia. Pada manusia, virus menyebabkan beraneka penyakit, dari yang akut tapi tidak fatal sampai penyakit mematikan. Dalam kasus lain, penyakit dapat menyebabkan kelainan jangka panjang serta memicu perkembangan kanker [1]. Penegakan diagnosis penyakit akibat infeksi memerlukan keterampilan khusus yang meliputi prosedur untuk mendapatkan informasi secara lengkap, pengenalan gejala klinik dan perubahan pascamati, dan keterampilan bekerja di laboratorium. Pemerikasaan laboratorium meliputi bidang patologi dan histopatologi, virologi, bakteriologi, parasitologi, dan serologi. Dalam kaitan dengan penyakit virus, banyak kasus penyakit mempunyai gambaran yang khas sehingga memungkinkan untuk mendiagnosis hanya berdasarkan gejala klinik dan perubahan pasca-mati. Namun, penyakit virus yang memerlukan pemeriksaan laboratorik untuk menentukan suatu diagnosis definitif juga tidak sedikit jumlahnya. Pemeriksaan ini mencakup dua hal, yaitu isolasi dan identifikasi virus. Virus adalah parasit obligat intrasel. Virus hanya mampu tumbuh dan memperbanyak diri (replikasi) pada sel yang hidup yang disukainya. Karena itu, usaha isolasi virus memerlukan suatu media yang hidup yang berbeda dengan media untuk bakteri.

Daftar Acuan 1. MacLachlan NJ, Dubovi EJ, editors (2011) Fenner s Veterinary Virology. 4th ed. London: Academic Press. 2. Knipe DM, Howley PM, editors (2001) Fields Virology. Philadelphia: Lippincott Williams & Wilkins. 3. WHO (2002) WHO Manual on Animal Influenza Diagnosis and Surveillance. Geneve: The World Health Organization, http://www.who.int/csr/resources/ publications/influenza/whocdscsrncs20025rev.pdf. 4. OIE (2008) OIE Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals. Paris: OFFICE INTERNATIONAL DES EPIZOOTIES. 5. Hornbeck P, Winston SE, Fuller SA (2000) Enzyme-Linked Immunosorbent Assays (ELISA). In: Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG et al., editors. Current Protocols in Molecular Biology: John Wiley & Sons. pp. 11.12.11-11.12.22. 6. Kramer MF, Coen DM (2001) Enzymatic Amplification of DNA by PCR: Standard Procedures and Optimization. In: Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG et al., editors. Current Protocols in Molecular Biology: John Wiley & Sons. pp. 15.11.11-15.11.14. 7. Harlow E, Lane D (1988) Antibodies: A Laboratory Manual. Michigan: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 8. Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, et al. (1988) Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science 239: 487-491. 9. Shampo MA, Kyle RA (2002) Kary B. Mullis--Nobel Laureate for procedure to replicate DNA. Mayo Clin Proc 77: 606. 76

10. Marx V (2013) Next-generation sequencing: The genome jigsaw. Nature 501: 263-268. 11. Sambrook J, Russell DW (2001) Molecular Cloning: a Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 12. Mahardika GN, Dibia N, Budayanti NS, Susilawathi NM, Subrata K, et al. (2014) Phylogenetic analysis and victim contact tracing of rabies virus from humans and dogs in Bali, Indonesia. Epidemiol Infect 142: 1146-1154. 13. Susilawathi NM, Darwinata AE, Dwija IB, Budayanti NS, Wirasandhi GA, et al. (2012) Epidemiological and clinical features of human rabies cases in Bali 2008-2010. BMC Infect Dis 12: 81. 77

TENTANG PENULIS I Gusti Ngurah Kade Mahardika, kelahiran Jembrana-Bali, 27 Oktober 1963, dokter hewan lulusan Universitas Udayana tahun 1987 dan doktor dalam virologi Universitas Giessen Jerman tahun 1995. Yang bersangkutan dosen di Universitas Udayana, Gelar profesor diperoleh tahun 2009. Disamping virologi, Mahardika adalah ekspert Indonesia dalam biologi molekuler, ekologi molekuler, dan bioinformatik. Yang bersangkutan aktif dalam riset nasional dan internasional berbagai virus pada hewan dan manusia serta penelitian biodiversiti dengan pemahaman molekuler dan bioinformatik yang dimilikinya. Berbagai tulisan ilmiah dan ilmiah populer yang bersangkutan dapat diakses pada laman https://www.researchgate.net/profile/gusti_mahardika, https:// scholar.google.com/citations?user=ccwjaziaaaaj&hl=en, Scopus Author ID 6503977071; ORCID ID: http://orcid.org/0000-0001-5525-0793. 85

Nyoman Mantik Astawa lahir di Bangli, 19 Oktober 1960. Penulis menyelesaikan pendidikan Dokter Hewan dilakukan di Universitas Airlangga Surabaya, dan S3 di bidang Virologi dan Imunologi di School of Veterinary Studies and Biomedical Sciences, Murdoch Univerity Australia 1995. Ia diangkat menjadi dosen di Universitas Udayana sejak 1988 dan Guru Besar di bidang Virologi dan Imunologi sejak 2008. Ia aktif membimbing mahasiswa S3 Ilmu Kedokteran dalam penelitian dan penulisan disertasi di bidang virologi, imunologi dan patobiologi. Pak Mantik meneliti penyakit Jembrana, rabies dan berbagai penyakit virus pada unggas seperti ND, Avian Influenza serta penyakit virus lainnya. Di bidang imunologi fokus penelitiannya adalah pembuatan dan pemanfaatan antibodi monoklonal untuk diagnosis berbagai penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus, parasit, dan bakteri. Prof. Dr. drh. Gusti Ayu Yuniati Kencana,MP., lahir di Tabanan- Bali pada tanggal 5 Juni 1959. Lulus Dokter Hewan (drh) tahun 1984 dari Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Sejak tahun 1985, ia diterima sebagai dosen di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana dan sampai saat ini bertugas sebagai Kepala Laboratorium Virologi di Fakultas tersebut. Pendidikan Magister (S2) diselesaikan pada tahun 1995, dan pendidikan Doktor (S3) pada tahun 2010 dari Program Studi Sain Veteriner Pasca Sarjana 86

UGM. Bererapa penelitian tentang virus penyakit unggas telah dilakukan, hasil penelitiannyapun sudah diseminarkan dan disajikan dalam seminar nasional, internasional maupun dimuat dalam jurnal nasional terakreditasi.untuk menyebarkan hasilhasil penelitiannya maka sebuah buku yang berjudul Penyakit Virus Unggas terbitan Udayana University Press,tahun 2012 telah ditulisnya. Pada tahun 2013 gelar akademik tertinggi telah pula diraih selanjutnya dikukuhkan oleh Rektor sebagai Guru Besar Tetap (Profesor) dalam bidang Virologi di Universitas Udayana. Ida Bagus Kade Suardana, kelahiran Tabanan Bali tahun 1963. Ia menamatkan pendidikan Dokter Hewan pada tahun 1989 di Program Studi Kedokteran Hewan Universitas Udayana. Sejak tahun 1990 sampai sekarang menjadi dosen di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana pada Laboratorium Virologi Veteriner. Pendidikan S2 di bidang imunologi diselesaikan di Pascasarjana Universitas Airlangga pada tahun1999. Pada tahun 2014 memperoleh gelar Doktor untuk bidang Kedokteran Biomedik di Program Doktor Pascasarjana Universitas Udayana. 87

Tri Komala Sari, kelahiran Mataram, 11 Januari 1984, dokter hewan dari Universitas Udayana 2007, master dalam Veterinary Science (Specialization in Immunology and Infectious Diseases), Washington State University 2013. Saat buku ini dicetak, dosen Fakultas Kedokteran Hewan UNUD ini sedang dalam Program Ph.D di Washington State University. Penelitiannya fokus pada mekanisme molekuler herpesvirus. Peneliti muda ini aktif dalam berbagai penelitian virologi dan memperoleh banyak award selama studinya di Amerika Serikat. Artikel internasional sudah ada yang dipublikasi di Journal of Virology tahun 2013. 88